Com a popularidade do WhatsApp, alguns aplicativos alternativos para Android, como WhatsApp Plus e WhatsAppMD, tentaram clonar o serviço oferecendo visual ou funcionalidades diferentes. No entanto, a empresa está atacando esses clones e começou a bloquear o acesso de usuários desses apps não oficiais por 24 horas. A companhia sugere que o usuário baixe a versão oficial do WhatsApp no próprio site ou na Google Play para que, aí sim, tenha o acesso liberado novamente.
Na seção de perguntas frequentes do serviço, o WhatsApp informa: "O WhatsApp Plus é um aplicativo que não foi desenvolvido ou autorizado pelo WhatsApp. Os desenvolvedores do WhatsApp Plus não possuem nenhum tipo de relacionamento com o WhatsApp e nós não oferecemos nenhum tipo de suporte ao WhatsApp Plus." A empresa explica ainda que o app clone tem códigos fonte próprios, o que significa que não pode garantir que informações pessoais não estejam sendo coletadas e repassadas sem informar ou sem solicitar autorização do usuário.